Вывод в любом месте шаблона

Алфавитный указатель вы можете вывести в любом месте шаблона с помощью PHP-функции do_shortcode, которая умеет выполнять любые шорткоды. Например:

<?php echo do_shortcode( '[abc_pagination type="popup" cat="6"]' ); ?>

Здесь мы выводим алфавитный список в виде всплывающих окон popup из категории 6.

А если в вашем шаблоне есть хуки, можно добавить вывод через них.

Например, в Reboot есть хук reboot_before_site_content, в котором можно вывести код перед контентной областью. Тогда код будет выглядеть так:

/**
 * Добавляем алфавитный указатель (попап) после шапки
 */
add_action( 'reboot_before_site_content', function(){
    echo '<div class="container">';
    echo do_shortcode( '[abc_pagination type="popup" cat="6"]' );
    echo '</div>';
} );

Аналогичным образом можно вывести в сайдбаре, в подвале, в отдельных файлах шаблона.